本因坊是日本古代最大、最有影响的围棋世家。在历代十位名人中，有七位是本因坊的掌门人。而中村道硕和桑原道节两位名人亦师出坊门。可以说，从德川时代开始至20世纪初，日本围棋一直是以本因坊为中心运转的。
1939年6月9日，末代本因坊秀哉名人将“本因坊”称号转让给日本棋院。1941年，日本棋院创办了本因坊战。由于历史上本因坊称号的重要性，本因坊战一直是日本最重要的职业棋战之一。时至今日，该比赛已连续举办了54届，是目前世界上历史最悠久的职业围棋比赛。
关于这个比赛，日本棋界还有一条不成文的规矩：凡获得本因坊战冠军的棋手都要改名，如关山利一号利仙，桥本宇太郎号昭宇，岩本薰号薰和，高川格号秀格，坂田荣男号荣寿，石田芳夫号秀芳，武宫正树号秀树，加藤正夫号剑正等等。但到1968年林海峰夺冠后问题出现了，因为林是地地道道的中国人。好在林九段知道其中奥妙，并未声张，日本棋界也就顺水推舟，来了个装聋作哑。此后赵治勋夺冠，也依例没有改名。
本因坊战是一流棋士争创连霸纪录的地方。六十年来已有四位棋手获得名誉本因坊称号，其中高川秀格九连霸，坂田荣男七连霸，石田芳夫五连霸。而创下最高纪录的则是赵治勋九段，他从1989年至1998年达成了十连霸的伟业，总共获得本因坊十二次。
目前本因坊战由朝日新闻主办，富士通协办，冠军奖金2500万日元。采取循环圈制，八名棋手以单循环决出挑战者，最后四名降出循环圈。
本因坊战决赛前三届采用日本古代番棋惯例为双数局，即六番胜负，第四届为五番胜负，从第五届至今采用七番胜负。
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